2.01 - The Enemy Walks In
Sydney se encontra cara a cara com sua mãe, cujas intenções com a filha são friamente estabelecidas. Enquanto isso, Syd continua a procurar por Vaughn, não sabendo se ele está vivo ou morto após ser atingido pela água em Taipei; a vida de Will muda para sempre quando Jack e Syd lhe contam a verdade sobre a SD-6 e suas vidas de agentes duplos. Dixon deve decidir se informa a Sloane que suspeita das atividades de Syd, o destino da mulher de Sloane é revelado e Francie se aproxima de seu sonho de abrir um restaurante.

2.02 - Trust Me
Sydney deve decidir se os gestos de boa vontade de sua mãe foram para ajudá-la ou para matá-la. Enquanto isso, Will testemunha Francie conversando com um homem misterioso e Sloane se torna sócio majoritário da Aliança dos Doze.

2.03 - Cipher
Sydney deve passar a perna em Sark para poder encontrar informações cruciais. Enquanto isso, Jack encara a mãe de Syd pela primeira vez em quase 20 anos, Will finalmente conhece Vaughn e Sloane é assombrado pela morte de sua esposa.

2.04 - Dead Drop
A relação de Sydney com sua mãe faz com que Jack tome medidas dramáticas para garantir a segurança de sua filha. Enquanto isso, uma misteriosa mulher conversa com Will sobre a possibilidade de republicar sua matéria sobre a SD-6.

2.05 - The Indicator
Sydney descobre um terrível segredo quando ela é enviada numa missão para descobrir a localização de uma nova geração de armas. Enquanto isso, Vaughn começa a suspeitar de Jack. Sloane conta a Jack a verdade sobre a morte de Emily. Will ajuda Francie durante a grande inauguração do restaurante dela.

2.06 - Salvation
Jack faz um grande sacrifício para conseguir reconquistar a já perdida confiança de Sydney. Enquanto isso, Sloane, assombrado pela morte da mulher, começa a se destruir.

2.07 - The Counteragent
Sydney corre para encontrar uma cura para Vaughn, cuja vida está em perigo devido a água de Taipei. Mas para poder encontrar o antídoto, Sydney deve fazer um acordo com Sark que pode colocar em risco a vida de Sloane. Enquanto isso, Will continua a sua pesquisa para Vaughn e descobre algo perturbador envolvendo testes de QI de 20 anos atrás.

2.08 - Passage Part I
Sydney, Jack e Irina devem colocar suas diferenças de lado e ir disfarçados em uma missão como uma família carinhosa para poder roubar seis suplementos nucleares de uma nação inimiga. Enquanto isso, Sloane anuncia para uma equipe suspeita de que Sark estará trabalhando com a SD-6; Vaughn pode ser forçado a despedir Will de sua pesquisa para a CIA; e um grupo desconhecido entra em contato com Sloane alegando que sua mulher, Emily ainda está viva.

2.09 - Passage Part II
Na missão dos Bristows para roubar os suplementos nucleares, Jack e Sydney finalmente descobrem de que lado Irina realmente está quando ela se encontra com Gerad Cuvee. Enquanto isso, Sloane informa a Aliança que Emily ainda pode estar viva.

2.10 - The Abduction
Jack se encontra com a diretora da contrainteligência da Aliança, Ariana Kane (Faye Dunaway), que foi enviada para investigar os eventos envolvendo o desaparecimento de Emily e para descobrir quem está tentando chantagear Sloane. Enquanto isso, Marshall é enviado em sua primeira missão com Sydney como sua parceira; Vaughn marca uma consulta com Will para ele fazer testes psicológicos na CIA; e Francie começa a suspeitar do comportamento secreto de Syd e Will.

2.11 - A Higher Echelon
Após completar sua primeira missão com Sydney, a vida de Marshall está em perigo mortal. Enquanto isso, Ariana Kane (Faye Dunaway) suspeita que Jack é o principal suspeito no desaparecimento de Emily. Vaughn descobre a verdade sobre o envolvimento de Jack na morte de Haladki, Sydney conta a Francie sobre seus sentimentos por um colega de trabalho e Vaughn entrega a Will os testes da CIA.

2.12 - The Getaway
Enquanto Ariana Kane segue Sydney para conseguir capturar Jack, ele pede ajuda a Irina para capturar o chantagista de Sloane. Enquanto isso, Syd e Vaughn arriscam expor seus disfarces a SD-6 quando os dois dividem um jantar romântico durante uma missão na França.

2.13 - Phase One
Sydney e Jack são confrontados pelo novo diretor da SD-6 que está substituindo Sloane e cujas intenções são desconhecidas. Enquanto isso, faíscas românticas começam a aparecer entre Will e Francie.

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2.14 - Double Agent
Sydney, Vaughn e Jack devem determinar se o agente Lennox (Ethan Hawke) é quem diz que é quando sua missão é comprometida. Enquanto isso, faíscas românticas começam a aparecer entre Will e Francie.

2.15 - A Free Agent
Sydney deve tomar a decisão de sua vida envolvendo seu futuro na CIA, enquanto Sloane reaparece e continua sua obsessiva busca por artefatos de Rambaldi - sequestrando um cientista (Christian Slater). Enquanto isso, o casamento de Dixon é colocado em risco após ele contar a sua mulher a verdade sobre o seu trabalho, e a formatura de Sydney na faculdade é amarga.

2.16 - Firebomb
Os misteriosos poderes de um aparelho de Rambaldi são finalmente revelados e Sloane possui seus segredos. Enquanto isso, Vaughn implora a Dixon para que ele resgate Sydney, Will é chamado para participar de uma reunião crucial para a CIA e Sydney percebe que Francie está mantendo segredos.

2.17 - A Dark Turn
Sydney começa a questionar de que lado Vaughn realmente está quando ela descobre que ele está sendo investigado pela agência. Enquanto isso, Irina e um artefato de Rambaldi são usados como isca para atrair Sloane e Sydney dá a Dixon as boas vindas a CIA.

2.18 - Truth Takes Time
Sydney enfrenta sua mãe enquanto Emily (Amy Irving) deve decidir se trai ou fica ao lado de Sloane.

2.19 - Endgame
Sydney desobedece o seu pai para poder resgatar um cientista das garras de Sloane, Irina e Sark, enquanto que Sloane, procurando por vingança, se torna mais perigoso do que nunca.

2.20 - Countdown
Um artefato de Rambaldi profetiza que um evento apocalíptico logo ocorrerá, Vaughn e Barnett questionam as atitudes de Dixon quando sua busca por vingança se intensifica. Enquanto isso, Sloane recebe uma informa ção de um monge (David Carradine) que pode mudar sua vida, Syd e Dixon procuram o assassino que roubou o coração de sua vítima e Marshall se apaixona por sua nova colega de trabalho.

2.21 - Second Double
Parte I - Sydney começa a questionar a identidade de Will quando ele é preso sob suspeitas da Agência. Enquanto isso, Sark e Irina plabejam recuperar o coração de Rambaldi e Sloane faz a Jack uma oferta de trabalho.

2.22 - The Telling
Parte II - Sydney finalmente enfrenta sua mãe, que lhe conta a verdade sobre suas motivações. Enquanto isso,Sloane começa a executar seu novo e grande plano, Will luta para tentar descobrir quem está por trás da armadilha e Marshall encontra o amor. Escrito e dirigido por JJ Abrams.








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