A série Alias começou a quatro anos atrás e conta a história de Sydney. Uma garota de foi recrutada durante da faculdade para ser uma agente secreta.

Depois de ter seu noivo morto, ela descobre que a agencia para qual trabalhava, era na verdade uma célula de organização pela qual ela achava que estava combatendo.
Ela jura vingança contra seu chefe, Sloane, e promete acabar com a SD-6.
Para isso ela se torna uma agente dupla e trabalhando com a verdadeira CIA, ela vai fazer tudo para alcançar seus objetivos.
As únicas pessoas que sabem a verdade sobre sua vida é seu pai - com o qual éla tem uma relação péssima e que ela acaba descobrindo que também é uma agente duplo dentro da SD-6 - e seu contato dentro da CIA o agente Michael Vaughn, que com o tempo se apaixona por ela.
Depois de alguns tempos difíceis parece que Sydney consegue recuperar sua vida e finalmente algumas coisas começam a certo em sua vida.
Ela consegue acabar com a SD-6 e finalmente pode ficar com o agente Vaughn. Seu relacionamento com o pai parece estar cada vez melhor.
Tudo parece ir bem, se não fosse seu ex-patrão. Arvin Slone continua solto e acaba assassinando sua melhor amiga e coloca no lugar uma espécie de "clone mau" que segue todos os passos de Sydney.
Quando finalmente ela descobre a verdade, Sydney caí armadilha e é dada por seus amigos e familiares como morta.
Ela reaparece dois anos depois, sem se lembrar de nada que aconteceu. Quando ela volta encontra sua vida revirada; seu namorado está casado com outra, seu pai está preso, e eu único amigo num programa de proteção a testemunha.
Agora ela precisa soltar seu pai, esquecer de Vaughn, recomeçar de novo e o pior descobrir o que aconteceu com ela nos últimos dois anos.
Como se tudo isso não bastasse, quando ela volta para a CIA, a esposa de Vaughn, Lauren, está trabalhando lá e não gosta nada de Sydney.
As duas precisam aprender a conviver juntas e Sydney que seu maior inimigo agora é uma aliado da CIA.
Após algum tempo, Sydney descobre que Lauren na verdade é uma inimiga e que trabalha para a mesma organização que a seqüestrou durante seus dois anos que sumiu.
Vaughn a qualquer custo quer se vingar de sua esposa e não vai ficar sossegado até isso acontecer. Sydney descobre que sua mãe teve um caso com Sloane e que isso gerou uma irmã, Nadia, que é a chave apara o mistério de Rambaldi.